2004年医学部基于深化教学改革、整合教学资源、突出北京大学医学部整体优势的战略思想而提出并着手实施建立临床学系。现阶段临床学系的主要任务是围绕本科生教学开展多种形式的教学改革、教学资源共享、师资培训（如集体备课、观摩手术）、青年教师讲课比赛等，以提高北京大学医学部各临床学院、教学医院的整体教学水平。目前妇产科、传染病、核医学、儿科、皮肤与性病、医学检验、麻醉与重症疾病、眼科、肾内科等已相继成立学系，截止到2012年5月，医学部共有19个临床学系成立。

      临床学系发挥自身学科的优势，利用学系平台举办的各项活动，受到广大临床教师，特别是承接临床医学五年制教学任务的教学医院年轻医师的欢迎。学系的成立为医学部临床教学的发展起到了很好的促进作用。